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轉錄組表達分析

2025-07-12 關鍵詞:轉錄組表達分析測試機構,轉錄組表達分析測試周期,轉錄組表達分析測試方法 相關:
轉錄組表達分析

轉錄組表達分析摘要:轉錄組表達分析是通過高通量測序技術檢測生物樣本中RNA表達水平的核心檢測服務。核心檢測對象包括mRNA、lncRNA等轉錄本,重點關注RNA提取質(zhì)量、測序深度控制、基因表達量計算、差異表達篩選及功能注釋。關鍵項目涵蓋RNA完整性評估(RIN值≥7.0)、基因表達豐度分析(FPKM/RPKM標準化)、差異倍數(shù)統(tǒng)計(|log2FC|≥1)及通路富集分析(P值≤0.05),確保檢測結果在基因組學研究中具有高精度和可重復性。

參考周期:常規(guī)試驗7-15工作日,加急試驗5個工作日。

注意:因業(yè)務調(diào)整,暫不接受個人委托測試,望諒解(高校、研究所等性質(zhì)的個人除外)。

檢測項目

RNA提取與純化:

  • RNA完整性檢測:RIN值(≥7.0,參照Agilent 2100 Bioanalyzer)
  • RNA濃度測定:純度比值(A260/A280≥1.8,A260/A230≥2.0)
  • 污染物清除:殘留DNA水平(Ct值≥35,Qubit檢測)
RNA質(zhì)量評估:
  • 降解程度分析:28S/18S rRNA比值(≥1.5)
  • 片段分布檢測:DV200值(≥50%)
測序文庫構建:
  • 文庫濃度控制:起始量(≥100ng RNA)
  • 接頭連接效率:分子標簽匹配率(≥95%)
  • 片段大小篩選:插入片段長度(200-500bp)
高通量測序:
  • 測序深度控制:覆蓋度(≥30M reads/sample)
  • 堿基質(zhì)量評估:Q30分值(≥80%)
  • 重復序列過濾:唯一比對率(≥70%)
基因表達量化:
  • 表達豐度計算:FPKM/RPKM值(變異系數(shù)≤10%)
  • 標準化處理:TMM/DEseq2校正
差異表達分析:
  • 差異基因篩選:|log2FC|≥1,P值≤0.05(DESeq2算法)
  • 聚類分析:熱圖距離矩陣(歐氏距離)
功能注釋:
  • GO富集:生物學過程P值(≤0.05)
  • KEGG通路映射:通路覆蓋率(≥5%)
可變剪接檢測:
  • 剪接事件識別:PSI值(0-1范圍)
  • 異構體定量:Isoform比例(變異≤15%)
非編碼RNA分析:
  • miRNA表達:TPM值(檢測限0.1TPM)
  • lncRNA靶向預測:結合位點評分(≥0.7)
數(shù)據(jù)驗證:
  • qPCR驗證:相關系數(shù)(R2≥0.9)
  • 重復性測試:ICC值(≥0.8)

檢測范圍

1. 人類血液樣本: 外周血單核細胞RNA,重點檢測免疫相關基因表達和炎癥通路富集。

2. 植物葉片組織: 水稻、玉米葉片RNA,側重光合作用基因差異和環(huán)境脅迫響應分析。

3. 動物組織樣本: 小鼠肝臟RNA,核心檢測代謝通路基因表達和毒性響應機制。

4. 細胞培養(yǎng)樣本: HEK293細胞系RNA,重點關注增殖基因表達和轉染效率驗證。

5. 腫瘤活檢樣本: 癌組織RNA,聚焦驅(qū)動基因突變表達和化療耐藥性標志物篩選。

6. 微生物群落樣本: 土壤微生物總RNA,強調(diào)群落多樣性分析和功能基因表達豐度。

7. 胚胎發(fā)育樣本: 斑馬魚胚胎RNA,檢測發(fā)育階段特異性基因時序表達模式。

8. 神經(jīng)組織樣本: 大鼠腦RNA,側重神經(jīng)元標記物表達和突觸可塑性通路。

9. 植物種子樣本: 大豆種子RNA,重點分析貯藏蛋白基因表達和萌發(fā)調(diào)控機制。

10. 環(huán)境污染物樣本: 水體浮游生物RNA,聚焦應激響應基因表達和生態(tài)毒性評估。

檢測方法

國際標準:

  • ISO 20184-3:2018 基于微陣列的轉錄譜分析
  • EN 15633:2019 食品過敏原檢測的轉錄組方法
  • ISO/IEC 17025:2017 檢測實驗室通用要求
國家標準:
  • GB/T 30988-2014 生物芯片技術規(guī)范和轉錄組分析
  • GB/T 37871-2019 高通量測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制
  • GB/T 34796-2017 RNA提取純化方法通則
(方法差異說明:國際標準如ISO強調(diào)測序深度≥30M reads,而國家標準GB/T允許≥20M;EN標準對過敏原樣本預處理更嚴格,GB/T則放寬冷凍條件;ISO/IEC 17025涵蓋通用質(zhì)控,GB/T 30988細化芯片數(shù)據(jù)分析步驟。)

檢測設備

1. 高通量測序儀: Illumina NovaSeq 6000(測序深度100x,通量20B reads/run)

2. 分光光度計: Thermo Fisher NanoDrop One(檢測范圍0.2-1500ng/μL,精度±1%)

3. 生物分析儀: Agilent 2100 Bioanalyzer(RNA完整性RIN值0-10,分辨率0.1)

4. PCR擴增儀: Bio-Rad CFX96(溫控精度±0.1℃,循環(huán)數(shù)40)

5. 離心機: Eppendorf 5425R(轉速15000rpm,溫度范圍-10°C至40°C)

6. 微量分液系統(tǒng): Hamilton Microlab STAR(分液精度0.1μL,誤差±0.5%)

7. 恒溫混勻儀: ThermoMixer C(震蕩頻率300-1400rpm,溫控±0.5°C)

8. 核酸提取儀: Qiagen QIAcube(通量12樣本/run,回收率≥90%)

9. 凝膠成像系統(tǒng): Bio-Rad ChemiDoc(分辨率4MP,動態(tài)范圍4-log)

10. 實時定量PCR儀: Roche LightCycler 480(檢測通道6,靈敏度0.01ng)

11. 超低溫冰箱: Thermo Scientific Forma 900(溫度-86°C,穩(wěn)定性±1°C)

12. 生物信息服務器: Dell PowerEdge R750(內(nèi)存1TB,處理器32核)

13. 微量離心管: Eppendorf LoBind(容量0.5-2mL,吸附率≤1%)

14. 電泳系統(tǒng): Bio-Rad Mini-PROTEAN(電壓范圍50-500V,凝膠尺寸8cm)

15. 振蕩培養(yǎng)箱: New Brunswick Innova 44(轉速50-400rpm,溫度±0.2°C)

北京中科光析科學技術研究所【簡稱:中析研究所】

報告:可出具第三方檢測報告(電子版/紙質(zhì)版)。

檢測周期:7~15工作日,可加急。

資質(zhì):旗下實驗室可出具CMA/CNAS資質(zhì)報告。

標準測試:嚴格按國標/行標/企標/國際標準檢測。

非標測試:支持定制化試驗方案。

售后:報告終身可查,工程師1v1服務。

中析儀器 資質(zhì)

中析轉錄組表達分析 - 由于篇幅有限,僅展示部分項目,如需咨詢詳細檢測項目,請咨詢在線工程師

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