宏轉(zhuǎn)錄組去宿主污染算法摘要:宏轉(zhuǎn)錄組測序在微生物組研究中存在宿主核酸污染問題,影響數(shù)據(jù)準確性。本檢測聚焦去宿主污染算法的核心性能評估,包括去污染率、假陽性率、計算效率等關(guān)鍵指標,基于標準生物信息學流程驗證其在多種樣本類型中的適用性,確保算法魯棒性和可擴展性。
參考周期:常規(guī)試驗7-15工作日,加急試驗5個工作日。
注意:因業(yè)務調(diào)整,暫不接受個人委托測試,望諒解(高校、研究所等性質(zhì)的個人除外)。
算法準確性檢測:
1.人類組織樣本:包括血液、唾液和皮膚樣本,重點檢測宿主RNA殘留水平及去除效率
2.動物樣本:涵蓋小鼠、大鼠和豬組織,側(cè)重跨物種污染識別和算法泛化能力
3.環(huán)境微生物樣本:土壤、水體和空氣樣本,檢測低豐度微生物信號保留率
4.臨床診斷樣本:如活檢和病理標本,重點評估診斷準確性影響
5.植物樣本:包括葉片、根系和種子,檢測宿主基因組污染去除程度
6.古DNA樣本:如化石和考古材料,側(cè)重降解樣本污染處理能力
7.合成生物學樣本:工程菌株和合成群落,檢測人工污染源識別效率
8.宏基因組整合樣本:結(jié)合DNA和RNA數(shù)據(jù),評估多組學污染協(xié)同去除
9.高污染樣本:如宿主富集樣本,重點測試算法極限性能
10.低深度測序樣本:覆蓋率不足樣本,檢測數(shù)據(jù)恢復率和污染控制
國際標準:
1.高通量測序儀:IlluminaNovaSeq6000(通量最高20Tb/run)
2.計算服務器:DellPowerEdgeR750(CPU:雙IntelXeonGold6348,內(nèi)存:1TB)
3.存儲陣列:NetAppAFFA800(容量:2PB,IOPS:1百萬)
4.GPU加速器:NVIDIADGXA100(GPU:8×A10080GB,算力:5PFLOPS)
5.生物信息學工作站:HPZ8G4(CPU:IntelXeonW-3275,內(nèi)存:512GB)
6.數(shù)據(jù)備份系統(tǒng):QuantumScalari3(磁帶容量:100PB,吞吐量:1.5TB/h)
7.網(wǎng)絡交換機:CiscoNexus9000(帶寬:100Gbps,延遲:≤1μs)
8.性能監(jiān)控工具:PrometheusServer(采樣率:15s/次,存儲:1TB)
9.安全網(wǎng)關(guān):PaloAltoPA-7000(吞吐量:10Gbps,加密支持:TLS1.3)
10.溫控系統(tǒng):VertivLiebertPDX(制冷量:50kW,精度:±0.5°C)
11.電源管理系統(tǒng):APCSymmetraPX(功率:160kW,UPS備份:30分鐘)
12.光學顯微鏡:OlympusBX53(放大倍數(shù):1000×,分辨率:0.2μm)
13.離心機:Eppendorf5430R(轉(zhuǎn)速:15000rpm,容量:6×50ml)
14.樣本處理臺:BakerSterilGARD(潔凈度:ISO5級,流量:0.45m/s)
15.數(shù)據(jù)采集器:NationalInstrumentscDAQ-9189(采樣率:1MS/s,通道:32)
報告:可出具第三方檢測報告(電子版/紙質(zhì)版)。
檢測周期:7~15工作日,可加急。
資質(zhì):旗下實驗室可出具CMA/CNAS資質(zhì)報告。
標準測試:嚴格按國標/行標/企標/國際標準檢測。
非標測試:支持定制化試驗方案。
售后:報告終身可查,工程師1v1服務。
中析宏轉(zhuǎn)錄組去宿主污染算法 - 由于篇幅有限,僅展示部分項目,如需咨詢詳細檢測項目,請咨詢在線工程師
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